Биосемиотика имеет двух основателей - Якоба фон Икскюля, который создал собственно биосемиотику,  и Чарльза Пирс, которого считают создателем  одной из семиотик и отчасти биосемиотики. Икскюля считают сторонником идеализма в философии, а Пирса - прагматики, которую он сам же и создал.

Но вот мне известен исследователь, который является материалистом и по всей видимости материалист его ученик

Это

Шингаров, Г.Х. 1978, Условный рефлекс и проблема знака и значения. Москва. Наука. 

Меня интересует вопрос, как различаются знаки в семиотике и в биосемиотике. Поскольку происхождение биосемиотики связывают с двумя основными именами - Якобом фон Икскюллем и Чарльзом Пирсом, то ответ кажется очевидным. Раз Ч.Пирс один из отцов основателей, то должны использоваться знаки, описанию которых посвящены его многочисленные труды. Я согласна что биосемиотики использует его знаки. Но думаю, что есть и другие, присущие именно биосемиотике.