Название Метафизика (сверх-физика) указывает на изучение того, что лежит за пределами физических явлений, в основании их,  учение о невидимых началах всего сущего, которые являются неизменными, духовными и недоступными чувственному опыту началами. 

Парменид был первым, кто назвал видимое (единственно реально существующее для всех нас) не существующим, а единственно существующим назвал невидимое Непреходящее Бытие, в котором находятся все истины о мире и человеке, но они открываются не мнению, не чувственному познанию (слуху, зрению, чувствам), а умозрению. Он был первым, кто на западе назвал знание незнанием, а бытие небытием. Это и было рождение метафизики и собственно рождение философии, как науке о разуме, о разумном спсобе познания мира, познания научных непреходящих общепризнанных истин. В этом смысле это было и рождение теоретической науки.

Вторым шагом было введение Анаксагором понятия Ум-Нус, котрый движет материей, сам же не являясь частью материального мира. Это был революционный шаг. До него первопричину искали среди первоэлементов - вода, воздух, огонь. Но он назвал движущей и организующей силой Ум, который соприроден уму человека. Так в картине мира появилось две природы материальная и разумная, движимая и движущая, причем человек оказался причастен обеим.

Платон довел различение этих двух природ до полного завершения, отделив мир сверхчувственный (метафизический) от материального и назвав его миром идей-эйдосов. Аристотель вновь соединил эти миры, поместив эйдосы внутрь вещей, но сохранив разделение на движимую материю и движущий Ум-Нус. 

Библейская иудейская метафизика почти полностью совпала с греческой философией. Бог творит мир Небо и Землю, мир видимый и невидимый, мир духовный и мир земной. Все что движется, движется духом. Все отдельные духи связаны единством своей духовной разумной природы, подобной божественной, но качественно различной в плане сотворенности. Только божественная природа Бога нетварна. Весь остальной мир - и духовный, и материальный - сотворены и материя движется душами, души - духами, а духи - Духом Божиим и Словом-Логосом Божиим. Но над всем стоит грандиозная фигура Бога-Отца, Творца-Демиурга и Монарха-Вседержителя. 

Вся средневековая теология полностью базируется на этой модели, ибо отклонение от нее "смерти подобно" и "смерти достойно". Два процесса идут одновременно - совершенствование научного мышления, прогресс в логике и математике, и нарастающее давление идеологической духовной цензуры, ограничивающее свободу полета научной мысли. Учения Декарта и Спинозы знаменуют революционный разворот в метафизике. 

Декарт доводит логический процесс сомнения во всем до критической отметки: "Можно сомневаться в реальности всего видимого и невидимого, можно даже сомневаться в реальности мышления, но нельзя сомневаться в реальности сомнения, значит сомнение реально, реально мышление, реален тот, кто мыслит ("cogito ergo sum"), и реально то, что является основой мышления и субьекта - Бог". Этот второй вывод o реальности Бога был довольно быстро забыт и даже сочтен за дипломатиеский реверанс в сторону римской курии, а сомнение во всем, кроме самого субьекта, - стало девизом новой эпохи. Вместе с Богом была выплеснута и идея Декарта о реальности двух природ: протяженной-материальной (res extensa) и менатльной-духовной (res cogitans). Вметсе с сомнением в Боге, сомнению подверглась и вся невидимая реальность. Метафизика сделала крен в сторону примата материализма.

Спиноза, двигаясь со стороны иудаизма, восстает против религиозного догматизма и несоответствия учения Торы и Каббалы законам разума. Он своим гениальным умом преобразует теологию в прообраз современной науки. Он считает, что Бог - это сама Природа, которая бесконечна и вечна, но не униформна. Она делится на природу творящую (natura naturans) и природу творимую (natura naturata), на мышление и протяжение, подобно Декарту (res cogitans и res extensa). Но последователи Спинозы, как и Декарта, быстро забыли о природе творящей и ее духовности, богоподобии и субстанциональности. Бог умер, да здравствует Природа! - провозглашает эпоха Просвещения, которую следовало бы назвать эпохой пмрачения духовного разума.
Назад к природе - провозглашает Руссо. Раздавите гадину - призывает Вольтер. И вместе с гадиной инквизиторского лицемерного цезаре-папизма последователи "просветителей" радостно уничтожают и "гадину" христианской церкви, и "гадину" метафизики. На смену разуму и духу приходит рационализм и прагматизм. Наступают сумерки метафизики, затмение Бога, а за ними и забвение Бытия.